This is an HTML version of an attachment to the Official Information request 'Strategic Framework for COVID-19 Variants of Concern'.

18 August 2022


Aotearoa New Zealand’s  
Strategic Framework for COVID-19 
ACT 1982
Variants of Concern 
Effective June 8 2022 

Previous versions 
INFORMATION 
Initial draft version 
6 May 2022 
Initial draft updated for engagement 
11 May 2022 
Engagement on the plan 
Strategic COVID-19 Public Health Advisory Group  18 May 2022 
COVID-19 Technical Advisory Group 
20 May 2022 
COVID-19 Independent Continuous Review, 
24 May 20222 
Improvement and Advice Group 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 


Contents 
Aotearoa New Zealand’s  Strategic Framework for COVID-19 Variants of Concern ...................................... 1 
I.
Glossary ........................................................................................................................................................................... 3 
II. Executive summary ................................................................................................................................................... 5 
III. Purpose ........................................................................................................................................................................... 7 
IV. Context ............................................................................................................................................................................ 8 
What we know about Variants of Concern ......................................................................................................... 8 
The situation has changed from March 2020 .................................................................................................... 9 
V. The COVID-19 Strategic Approach ........................................................................................................... .. . 11 
VI. Scenarios to inform the Strategic Framework for new Variants of Concern ............... . ......... 13 
Disease characteristics and contextual factors ............................................................................ ... ............... 13 
Co-circulating variants: the balance between transmissibility and immune escape .. . .................. 15 
VII.  The response decision-making process ......................................................................... .............................. 16
ACT 1982 
The role of the Public Health Risk Assessment ....................................................... .... .................................. 16 
Connection to the Al -of-Government Response ........................................... .. ........................................... 16 
Preparedness wil  need to factor in the absence of detailed information ........................................... 16 
VIII. Responses to each of the scenarios ................................................... ... ........................................................ 18 
Strategic approach to new Variants of Concern .......................... .... ........................................................... 18 
Determining the best approach ..................................................... .. .................................................................. 18 
Targeted approaches for particular areas and communities ..................................................................... 20 
INFORMATION 
Trade-offs ............................................................................... .... .............................................................................. 20 
IX. Preparedness factors ................................................ ............................................................................................. 21 
All-of-Government measures for consideration. ........................................................................................... 23 
X. Te Tiriti o Waitangi and Equity commitments .......................................................................................... 25 
Te Tiriti o Waitangi .................................. ................................................................................................................. 25 
Working with Māori on design and delivery of services ............................................................................. 25 
Equity  26 
Devolving power and resources to communities .......................................................................................... 26 
XI. Global Responses to Variants of Concern ................................................................................................... 27 
Global surveil ance efforts ....................................................................................................................................... 27 
International approaches to strategic planning ............................................................................................. 27 
International scenario planning ............................................................................................................................ 28 
Supporting Pacific states - the Pacific Health Corridors work programmes ....................................... 28 
XII.  Next steps .................................................................................................................................................................... 29 
XIII. Appendices .................................................................................................................................................................. 30 
Appendix 1: Evidence base for new variants, including information on co-circulating variants . 30 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
Appendix 2: Modelling on Variants of Concern ............................................................................................. 36 
Appendix 3: Process for Identifying New Variants of Concern ................................................................. 39 
Appendix 4: Proposed response to scenarios ................................................................................................. 40 
References ............................................................................................................................................................................. 41 







 
II.  Executive summary 
Aotearoa New Zealand’s Strategic Framework for COVID-19 Variants of Concern (the Strategic 
Framework) considers likely and potential scenarios to inform planning considerations and ensure 
that we are prepared to respond as required. While these scenarios are based on evidence and 
have been subject to review, it is important to note they are hypothetical.  
The scenarios prepared as part of the Strategic Framework range from low transmissibility and 
low immune-evasion, essentially where the virus has enough transmissibility to create a high case 
load, but current effective immunity is protection enough. Other scenarios include a high 
transmissibility and high immune-evasion, where without significant intervention the pressure on 
the healthcare system would be immense and the number of COVID-19 related deaths would be 
likely to increase, particularly among the elderly. We have also accounted for the possible 
scenario of multiple co-circulating variants, however based on current evidence this is somewhat 
less likely. 
In planning for future variants, we have the advantage of having systems and an evidence 
informed range of responses in place that can be applied to the scenario at hand. Currently, it is 
likely that responses to most potential variants are focussed on minimisation and protection. This 
means that the focus would be on: 
•  continuing the focus on minimising impacts with widespread transmission to reduce the 
effects on the population, particularly vulnerable communities, 
•  avoiding additional burdens on the healthcare system that could be caused by Influenza 
Like Illnesses; and 
•  long-term planning for recovery and ensuring the system can respond to Variants of 
Concern. 
Our access to global insights and monitoring provides some lead time and indicators on Variants 
of Concern to inform preliminary health risk assessments. As an island nation we do have the 
E O
advantage of increasing border surveillance, which can be enacted quickly when we are alerted to 
any serious new Variant(s) of Concern. By increasing surveillance at the border, we should be able 
to slow the spread of any new variants and buy time to stand up a response if it is required and 
consider options that support or increase our understanding of a new Variant.  
In the plan we have identified our key response measures, as a combination of baseline measures 
and extra measures that would be used with more severe Variants of Concern. The baseline 
measures include: 
•  ongoing border and community surveillance 
EASED UN
•  RAT based testing except for PCR where required for diagnostic or surveillance purposes, 
isolation requirements for current cases 
•  infection prevention controls including mask use 
•  vaccination and therapeutics 
•  border measures, including pre-departure testing and post-arrival testing 
•  the ongoing use of Care in the Community networks.  
Further reserve measures that can be called on for more severe Variants of Concern, noting the 
measures will be very context specific: 
•  Increased use of testing through targeted interventions 
•  Contact tracing 

 


 
•  Capacity limits 
•  stronger border measures, including self-isolation for arrivals, MIQ or border closures, and  
•  Regional and national lock-downs. 
By completing this preparedness process now, we have the advantage of being able to identify 
what future responses may look like and work on preparedness measures to strengthen our 
response. This will not only make it easier to activate the response more rapidly, but also make 
the responses more effective. An example of this is the development of potential seroprevalence 
surveys which will provide information on the level of immunity in the community and inform  
measures that may be required as part of a response.  
We know that in using these measures there will be trade-offs that will need to be made between 
the health impacts and impacts on social and economic wellbeing. Work is currently underway to 
develop a detailed understanding of the impacts of these measures and will be used to inform 
future decision making. 
 
 
 
E O
EASED UN

 






 
population. Note, that the immunity to infection and immunity to severe 
disease may vary for different variants. 
Speed of 
A new successful variant that arises from incremental changes to the 
transmission  
dominant variant is likely to be more transmissible than the existing 
 
predominant variant. A “frame shift” variant may be able to spread by not 
having to compete with dominant variants due to substantial immune 
evasion and changes to the mode of infection (to date all variants have 
entered cel s through the ACE receptor in the nose or throat). 
A new variant may spread so quickly and be so transmissible that there is no 
option of buying time, by keeping it out, as it may already be in New 
Zealand. As we have seen with Omicron, the speed at which a new variant 
can replace old variants can be very swift. Omicron is estimated to have 
infected approximately 50% of the US population in about 10 weeks.  
On the other hand, a new variant may spread relatively slowly, on its way to 
becoming the dominant variant. For example, BA.4 and .5 have an 
approximately 10-20% transmission advantage over BA.2, which means that 
one or both are destined to become the dominant variant (all else being 
equal) but it may be a relatively slow burn, over a period of a few months. 
The situation has changed from March 2020 
Since the initial outbreak in New Zealand in March 2020 much has changed and much has been 
learned about the virus and how best to respond to the pandemic. Time has allowed us to learn 
from the experience of other countries, as well as reflect on our own, and to consider the vast 
amount of scientific knowledge about the nature of the virus and how best to protect the health 
and wellbeing of our communities.   
Nationally and internationally, there is better surveillance than in 2020 
E O
Global surveillance means that we will most likely receive early warning (within days of a sample 
being analysed) of a new threat before it is detected in New Zealand. This could include an 
understanding of the potential level of immune escape of the new variant as there is a better 
knowledge of which mutations are associated with this. Within weeks there may be early evidence 
of immune escape and changes in transmissibility. What will not be immediately known however, 
is the severity of a new variant as it takes 1-2 months for the data to be gathered and analysed.  
It is possible that a new variant may already be circulating within the community by the time we 
are alerted of its emergence internationally. In this situation, rapid identification to inform a 
EASED UN
strong health response can still be effective (as those tactics were in March 2020), particularly if 
the new variant has a modest transmission advantage over the prevalent variant.  
Some level of protection will already exist 
The immunity (infection or vaccine related) that New Zealanders have built over the last two years 
will likely provide some continued level of protection against severe disease, as the mRNA 
vaccines did for Omicron.  However, vulnerabilities due to waning immunity, unvaccinated and 
immunocompromised individuals should be considered, as there will be a significant proportion 
of the population who remain highly vulnerable to severe disease. 
 
 


 


 
SARS-CoV-2 vaccines may be developed at greater speed  
The first COVID-19 vaccines were developed in just 11 months. As mRNA technology evolves 
further, new vaccines can be developed within an even shorter timeframe – potentially within a 
few months to respond to new variants. However, global demand and manufacturing constraints 
may mean that it could take several months before there is sufficient supply for distribution. It will 
also remain important that the regulatory assessment is robust and Ministerial approvals 
processes are thorough.  
As with the current situation with the influenza vaccine, some prediction based on best evidence 
and modelling is involved, but there is no guarantee of a good match between the vaccine in 
development and the actual variant that occurs during the season.   
It is unknown at this point whether new COVID-19 vaccines will be updated annually, similar to 
the seasonal Influenza vaccine, or less frequently. As noted, the new variant may be sufficiently 
similar that a new vaccine is not required. Rather, a further dose of existing vaccines may be 
protective. 
Higher transmissibility may mean fewer public health measures are effective 
The degree of infectiousness of a new variant may be so great that some public health and social 
measures (PHSM) may not be effective.  
During Delta, PHSMs including Managed Isolation and Quarantine (MIQ) bought time to reach 
high levels of population immunity through vaccination programmes (above 90% percent). MIQ 
and other border measures were effective in stopping the introduction of the Delta variant into 
the community for an extended time from May to August 2021.  
The most effective way of protecting communities at greater risk is to strengthen layers of 
protection to reduce the levels of community transmission. Once Omicron became the dominant 
variant, effective vaccines were available but substantial protection against severe disease was 
only provided by three doses. The 7-day MIQ requirements and other border restrictions were 
E O
still in place at the time slowed the introduction of Omicron into the community and bought us 
time until a sufficient proportion of the population (particularly older people) could receive three 
doses.  
Erosion of social licence 
To date, the success of our response to the COVID-19 pandemic has relied on an outstanding 
level of community support, adherence to the public health measures and participation in 
vaccination programmes. Understandably, as the pandemic has extended for over two years, 
some parts of the community have become less willing to cooperate with some public health 
EASED UN
measures. As such, there may be fewer public health levers available, and/or the interventions 
that are still available may be less effective.  
Effective and engaging messaging is likely to be required to gain broad population support if 
restrictive public health measures were to be introduced once again.  
Throughout the pandemic, research has monitored and assessed community attitudes. There will 
be an ongoing need for such research to ensure public health messaging remains effective and to 
act as a barometer of social licence. 
 
 
 
10 
 



 
V. The COVID-19 Strategic Approach 
As the COVID-19 pandemic moves into its third year, Aotearoa New Zealand’s health response 
has continually evolved as both the virus and our ability to manage it has changed. From our 
initial elimination strategy we have shifted to one of minimisation and protection. We have 
continued to refine our response from the earlier Alert Level settings to the current COVID-19 
Protection Framework.  
As we look to shift to an environment where COVID-19 is endemic in Aotearoa New Zealand and 
globally, the potential for new Variants of Concern needs to be carefully considered as part of any 
future planning as changes are made in the post-peak Omicron environment, and to inform 
planning. 
As we work to create a system that is resilient to new Variants of Concern, we need to carefully 
consider the role of preparedness measures to support an effective response. We are working to 
optimise the effectiveness of relevant measures and to minimise the need for more restrictive 
measures where possible.   
This is highlighted in Figure 1 below which shows how the use of measures has progressed 
throughout our response to the pandemic, to the current state where in the minimisation and 
protection phase we are looking to use baseline measures where possible, although there are 
reserve measures that can be used if required. The green parts of the diagram show the enhanced 
system resilience through preparedness, that support more effective baseline measures- for 
example, improved through testing and surveillance technology. 
Figure 1. The role of the public health response and preparedness factors 
E O
EASED UN
 
As such, the Strategic Framework sits within a wider strategic context which includes: 
•  the development of a strategy for the COVID-19 health response over the medium to long-
term, focused on recovery and building resilience. It will provide strategic guidance for the 
health system and wider All-of-Government COVID-19 response and will inform the operating 
context in which we respond to new variants. 
•  revising the current surveillance and testing strategies to reflect the updated and more 
nuanced responses to different variant scenarios. 
11 
 


 
•  informing the development of the Health Border Strategy and the interim and enduring 
arrangements for the health presence at the border. 
•  ensuring that responding to new Variants of Concern is supported in consideration of the 
future legal framework. 
•  advice and recommendations from World Health Organization (WHO), and other peak bodies 
and the potential impact of amendments to the International Health Regulations 2005 and 
proposals for a pandemic treaty. 
•  development of a COVID-19 vaccine strategy that will consider measures to maintain vaccine 
effectiveness and support agility to enable vaccines to respond new Variants of Concern as 
and when required. 
The Ministry of Health continues to work with Department of Prime Minister and Cabinet (DPMC), 
Ministry of Business Innovation and Employment (MBIE), Ministry of Education, Ministry of 
Primary Industries, the New Zealand Customs Service and the Ministry of Foreign Affairs and 
Trade to progress broader planning for the All-of-Government response.  
The scenario planning will also be available to inform broader strategic planning, with potential 
uses including the ongoing consideration of national quarantine capability and Treasury’s work on 
resilience planning. 
 
 
E O
EASED UN
12 
 


 
VI.  Scenarios to inform the Strategic Framework 
for new Variants of Concern 
Five hypothetical COVID-19 variant scenarios have been developed to inform the Strategic 
Framework.  Each scenario considers clinical severity, immune evasion, transmissibility, disease 
burden, and the availability of effective vaccines and antiviral therapeutics. The scenarios are: 
•  Scenario 1: High clinical severity, high immune escape 
•  Scenario 2: Low clinical severity, high immune escape  
•  Scenario 3: High clinical severity, low immune escape  
•  Scenario 4: Low clinical severity, low immune escape  
•  Scenario 5: Multiple co-circulating variants with different levels of severity and different levels 
of cross-protection.  
All scenarios are compared to the Omicron BA2 variant which is the dominant variant in  
New Zealand at this time.  
While there are clear uncertainties ahead, there are a number of expected assumptions based on 
science. A first assumption is that COVID-19 will continue to evolve with new Variants of Concern. 
Secondly it is assumed that in all scenarios the new variant has transmission advantage (increased 
Ro)) and is able to out-compete Omicron BA2 (the current dominant in New Zealand). 
We have also assumed that in all scenarios there is a degree of prior immunity from previous 
vaccination or infection. As such, the disease severity as discussed below refers to the severity 
observed in a population with an existing degree of prior immunity, rather than the ‘intrinsic’ 
E O
severity associated with infection of an individual with no prior protection. For example, Omicron 
typically causes mild disease in vaccinated or previously infected populations but can be severe in 
unvaccinated individuals.  
Disease characteristics and contextual factors  
There are a range of factors that will need to be considered that could apply to all scenarios – 
which in turn which will impact on the response approach. For example, evidence that the variant 
results in a longer infectious period or is resulting in chronic infections may lead to more severe 
impacts. These factors are outlined in the below:  
EASED UN
 
 
 
 
 
 
 
 
13 
 




 
of the response, and the distributional impact of measures. Some of these impacts are currently 
directly addressed by the government through economic and social supports. 
Co-circulating variants: the balance between transmissibility and immune 
escape 
The potential for more than one circulating and co-existing variant is also considered, however 
given the limited evidence for this we have not planned for this or included it in modelling.  
Co-circulating variants is when two or more variants have substantial immune escape from each 
other (e.g., immunity associated with infection with variant one does not provide protection from 
variant two, and vice versa) the more the two variants have distinct ecological niches and so are 
able to co-exist without being in direct competition. 
The emergence of Omicron and other highly transmissible sub-variants has largely replaced 
previous lineages. It is not known if multiple variants with different severity, transmissibility and 
immune escape will be re-established, or if the pandemic will be dominated by a single highly 
transmissible variant2. Appendix 1 contains further detail on this. 
 
 
E O
EASED UN
 
 Although Delta does still circulate globally in very low numbers, and the implications of that are still unclear 
15 
 


 
VII. The response decision-making process 
Throughout the COVID-19 pandemic we have continued to refine the decision-making process, 
and this has been enhanced by an improved evidence base. 
To provide clarity of the response process, key decisions and the information we draw on, we 
have outlined the process in Appendix 3. This includes the stages of decision-making and the 
relevant information sources at each stage. It is important to note that this process focuses on the 
current role of the Ministry of Health, and once established on 1 July 2022, will change to include 
Health New Zealand and the Māori Health Authority.  
The role of the Public Health Risk Assessment 
Should a new Variant of Concern emerge, a Public Health Risk Assessment (PHRA) will remain an 
integral part of assessing the situation and providing considered public health advice at key decision 
points for Ministers. As outlined above, any response will vary depending on the contextual 
characteristics and the nature of the new Variant of Concern.  
Connection to the All-of-Government Response  
There is a process for an All-of-Government response as required where a response is critical, or 
decisions are required within 24 hours. The National Response Leadership Team3 would take the 
lead in providing advice and enacting a response through agreement from COVID-19 Ministers with 
Powers to Act. Ongoing responses would be supported by governance from the wider National 
Response Group. 
Preparedness will need to factor in the absence of detailed information 
A systematic approach will be taken to the assessment of the potential impact of the new 
variant(s) to determine which scenario is most li
E O kely. The Strategic Framework will include a 
process for rapid information gathering and management in the period before the scenario 
becomes clear. For each new variant, it will take time for researchers, data scientists, virologists, 
public health specialists and epidemiologists to determine the features and epidemiological 
characteristics of the virus, and therefore the threat that the new variant poses.  
As an indication of timeframes, in the two-four weeks following initial detection of the Omicron 
variant offshore, anecdotal findings and early data gave indications on the transmissibility, 
immune evasion and severity characteristics of the Omicron variants. However, strong 
epidemiolog cal and clinical data to support these findings only emerged in the one-two months 
EASED UN
following detection.  
 
 
 
 
 
 The NRLT consists of the Chief Executives or delegates of the Ministries of Health; Education; Business, 
Innovation and Employment; Social Development; Foreign Affairs and Trade; Transport; Justice; Housing and 
Urban Development; and Department of the Prime Minister and Cabinet; Treasury; Public Service Commission; 
Police; Customs and Te Arawhiti. 
16 
 




 
VIII. 
Responses to each of the scenarios 
Strategic approach to new Variants of Concern  
Planning for new Variants of Concern needs to occur at several levels, from global and national level 
responses to local and community-based responses. The intention is that this initial Strategic 
Framework is focussed on the national health response. Further local and community-based 
responses will then be developed and informed by this. 
The overall objectives in response to COVID-19 Variants of Concern remain focussed on reducing 
and controlling the incidence of COVID-19 infections and to prevent, diagnose and treat COVID-19 
to reduce mortality, morbidity, and long-term impact. It will also need to be aligned with a strategic 
context where we are increasingly going to be focussing on resilience and recovery, and a context in 
which there will be greater reliance on voluntary and non-prescriptive measures. 
Any effective response will also need to consider how we support equity of outcomes and uphold Te 
Tiriti o Waitangi as part of an effective health response. This will mean tailoring responses and 
leveraging relationships with communities. 
A response will also need to be cognisant of the broader impacts on social and economic wellbeing. 
It will also need to recognise that we are working as part of the All-of-Government response to 
identify and mitigate negative impacts of any public health measures so these can be factored into 
planning and decision making.   
Determining the best approach 
If a new Variant of Concern emerged that could lead to significant health, social and economic 
impacts, and it was feasible to keep the variant out of the country to buy time to develop a more 
effective response through domestic measures, the adoption of an elimination approach may be 
considered. However, the threshold for this is likely to be particularly high.  
E O
We note that an elimination approach is less likely to be used. This is due to the increased levels 
of population immunity that is likely to limit the severity of disease and the reduced social license 
for more stringent public health measures, including MIQ. It is also likely to be complicated by the 
likelihood of high transmissibility levels which makes eliminating any new variants particularly 
challenging. No country has successfully eliminated Omicron, which has a higher R value than 
preceding variants  
Based on recent experience we know that the right combination of public health measures can 
minimise the spread and health and disability system impact of pandemics. This this may be 
EASED UN
preferrable over an elimination approach.  
An elimination approach is only likely to be proposed in a situation that contained a range of the 
following factors:  
•  if there were indications of very high clinical severity and likely high fatality rates (based on 
early evidence from overseas). 
•  transmissibility levels that could be managed with strong border measures, including MIQ. 
•  there are high levels of immune escape and current immunity is unlikely to be effective. 
•  there were clear benefits that could be realised in the time that an elimination approach 
could be sustained. 
18 
 


 
•  where the health and disability system are already under pressure, or a new Variant of 
Concern is likely to place the health and disability system under extreme pressure. 
•  where at-risk communities are likely to be severely affected.  
The use of ‘prepare’, ‘contain’ and ‘manage’ 
We have developed the Strategic Framework to include three response stages: 
•  Prepare:  System is alerted to new Variant of Concern - system readies to pivot and if needed 
to move to contain. 
•  Contain: First community case - system pivots to reduce transmission. 
•  Manage: Widespread community transmission - system pivots to preserving critical 
infrastructure and protecting communities at greater risk and priority populations. 
Surveillance supports all stages. This involves the ongoing international and national monitoring of 
Variants of Concern to inform Public Health Risk Assessments and response decisions. Surveillance 
will also inform the effectiveness of any measures we have in place domestically.  
The three response stages reflect the different context that we are operating in from March 2020 
and in December 2021 when the COVID-19 Protection Framework was introduced. In our new 
context where the R value of the virus is likely to be higher, the likelihood of elimination and 
‘stamping it out’ is much less viable. Additionally, the levels of immunity from COVID-19 vaccination 
or prior infection in the population is now higher and we have greater understanding of the of the 
effectiveness of domestic public health measures in reducing transmission. 
Public health measures considered 
Across key public health aspects of the response, certain measures will change through each phase 
of the response: 
Government and community-led responses: 
E O
•  Surveillance 
•  Vaccination and therapeutics 
•  Testing 
•  Border measures 
•  Case investigation and contact tracing 
•  Infection prevention and controls, 

including requirements for ongoing 
  Isolation and quarantine 
mask use. 
•  Care in the community and broader 
health response. 
Individual-led responses: 
EASED UN
•  Mask use 
•  Social distancing 
•  Isolation and appropriate use of sick 
leave 
Decisions around the appropriate measures reflect likely contextual factors, including the impact of a 
Variant of Concern on health outcomes, and broader socio-economic outcomes. Decisions have also 
considered the expected pressure on the health and disability system.  
Some measures, most notably mask use, have a wider value in preventing the spread of other 
respiratory illnesses as well as COVID-19. This additional value will be considered in future decisions, 
and as part of system preparedness we will need to consider how we can bolster ongoing mask use 
in some settings or circumstances. 
19 
 


 
The COVID-19 Protection Framework has a potential role in providing clear public health settings to 
support the response to different variants. The use of this tool is contextual and will need to be 
considered as part of planning any potential public health response. 
This process set out above will still occur when functions from the Ministry of Health transfers to 
interim Health New Zealand. The Ministry (including the iPHA) and iHNZ have worked together to 
ensure that the functions will transfer in a way that maintains a strong response and mitigates any 
risk to the continuity of the response. 
Appendix 4 presents the responses to each of the scenarios, across each of the phases from 
prepare, contain and manage.  
Targeted approaches for particular areas and communities 
We know particular communities and areas are at greater risk from new Variants of Concern, and 
this needs to be included in our planning processes. There is a concentration of risk in particular 
communities around South Auckland (and the broader Auckland region to an extent) due to the 
combination of proximity to the border and the number of communities at greater risk that live in 
the area. In other communities, e.g. parts of the Eastern Bay of Plenty, there are communities with 
high concentrations of social deprivation, high co-morbidities and limited access to health care 
which require their own targeted approaches. This should be a factor that informs prioritisation of 
targeted preparedness and response activities. 
To this end we will be increasing using All-of-Government responses to provide integrated 
responses, including working with the Ministry of Social Development, Ministry of Housing and 
Urban Development, the health entities, iwi partners and Care in the Community networks to 
provide localised responses that are tailored to their needs. 
Trade-offs 
Economic, social and health outcomes are inextri
E O cably linked as the pandemic has demonstrated. 
Decisions on what measures to employ need to consider likely benefits, risks and trade-offs. Where 
possible, data should be gathered to measure these impacts across a range of outcomes.  
We should be particularly mindful of the value that preparedness activities and our baseline 
measures present: for example, the more people we can get vaccinated and boosted, and provide 
with access to antivirals  the less we should need to respond to protect the health system during 
peaks. Furthermore, the safer we can make being in the community through the use of face masks 
and public health communication to support good health behaviours, the more people can continue 
to participate in the economy. 
EASED UN
Some public health and social measures such as contact tracing, quarantine (particularly when the 
criteria for who must quarantine includes close contacts) and isolation, provision of economic and 
social supports to enhance compliance with public health measures, border closures, and lockdowns 
are resource-intensive. Response measures are generally more costly than our baseline measures 
and preparedness activity. 
Further work is underway as part of the All-of-Government response to better understand the 
detailed impacts. 
 
20 
 




 
Prepare 
•  Engaging with the public will be key in the success of responses to any future 
communication 
outbreaks or incursions.  
plans, including 
•  Targeted campaigns can assist the Ministry in fulfilling its Te Tiriti o Waitangi 
targeted 
and equity obligations. 
communication for 
•  Strong communications campaigns are needed to boost vaccination. 
communities  
•  Learning from the past e.g. a key lesson from the 2019 measles response was 
to bring the population onside to respond in an agile way. 
Improve data 
•  Continue to improve our disease and vaccination data collection, wastewater 
collection, reporting 
surveillance sequencing and analysis capabilities to immediately identify and 
and analysis 
detect new and emerging variants. 
•  Continue improvements to COVID-19 disease and vaccination data collection, 
wastewater surveillance, and virus sequencing capacity so we are better 
prepared to respond rapidly to emerging threats.  
•  Identify appropriate indicators to inform continuous monitoring and 
improvement. 
Leverage contact 
•  In the early stages Public Health Unit-led contact tracing with national source 
tracing 
tracking and case management may be deployed to provide New Zealand with 
some local and regional areas for targeted focus.  In a high clinically vulnerable 
and high immune escape setting the value of contact tracing after the first and 
second identified case and contacts will need to be clear. 
Surge Response Plan   •  S9(2)(g)(i)
 
 
 
 
 
  
Maintain surveillance  •  Surveillance testing will be used to identify when we have a new variant. We 
capacity 
must ensure that we have sufficient capacity to undertake the surveillance 
required.  
E O
•  The Surveillance Strategy provides information on the detailed response, 
including the relative importance of respective surveillance measures. 
•  Ongoing work to enhance the surveillance system to identify new cases and 
Variants of Concern at our border and in our communities.  
•  Working with the Institute of Environmental Science and Research (ESR) to 
increase Whole Genome Sequencing capacity. Wastewater surveillance is also 
important for understanding community cases, and we continue to enhance 
this including work with ESR on enabling surveillance to distinguish between 
variants. 
•  Enhan
EASED UN ce understanding of levels of immunity in the population to understand 
potential risk and inform responses. Consideration is being given to how to 
identify both natural immunity levels and vaccine-based immunity levels. 
Laboratory device 
•  A stocktake across the laboratory and hospital settings is being undertaken. It 
review and 
will help inform regions with variability to scale and target testing modalities 
Innovation 
and enable the right testing modality to the right presentation of contact or 
framework 
potential case.  
 
•  The Ministry, DPMC, and MBIE are establishing a Testing Innovation 
Framework across laboratory groups, networks and science and research 
institutes. It will inform the regulatory assessment processes and undertake 
horizon scanning for the latest in innovation and technologies to support our 
ongoing response to COVID-19 and other infectious disease. 
22 
 


Contact tracing 

Recognise that the value of contact tracing will be limited in the absence of
restrictive policy settings at the border and in community.

In the short-term, it is likely that we could not scale contact tracing to the
levels we have had previously, primarily because we could be contending with
more than one variant at a time over the course of the coming months.

In the early stages of each phase across the responses, Public Health Units led
contact tracing with national source tracking and case management will
provide New Zealand with some local and regional areas for targeted focus.
The value of contact tracing after the first and second identified case and
contacts will need to be clear.
Leveraging our 

Developing a series of plans in coordination with suppliers and the health care
COVID-19 Variant 
system for delivery of updated vaccines, tests, and treatments.
responses and play 

These plans and processes suggest that vaccines, PPE, and tests can be
book  
deployed in days and weeks rather than months using the vaccine supply chain
and logistics to sites, community testing centre and pop-ups, and the PPE
portal.
Leverage a proven 

S9(2)(g)(i)
COVID-19 surge 
Response Plan 

Regulatory review of  • S9(2)(g)(i)
variant-specific 
versions of vaccines 
and treatments  

Critical medical items  
The Ministry currently maintains a national stockpile of at-home tests, PPE and
supply  
critical medical supplies for use in surge events.

Pharmac is responsible
E O  for securing antiviral medications and are part of the
all-of-government COVID-19 Vaccine Strategy.

Continue to assess the utility of therapeutics.

S9(2)(g)(i)

The Government will be ready to deploy supplies to the health and disability
sector alongside clinically vulnerable and priority populations ensure adequate
supply in times of surges, COVID-19 outbreaks, or new variants.
All-of-Government measures for consideration 
EASED UN
S9(2)(g)(i)
23 


 
S9(2)(g)(i)
 
 
E O
EASED UN
24 
 


 
X. Te Tiriti o Waitangi and Equity commitments  
Consistent with the principles underpinning the long-term COVID-19 Strategy, this Strategic 
Framework is underpinned by Te Tiriti o Waitangi obligations and support equity of outcomes.  
Te Tiriti o Waitangi 
Embedding the principles of Te Tiriti o Waitangi into our work is a key part of being responsive to, 
and providing a response for, Māori.  
Meeting our obligations under Te Tiriti is necessary if we are to realise the overall aims of He 
Korowai Oranga - our Māori Health Strategy and to achieve outcomes for the health and 
disability system as a whole. This includes a desire to see all New Zealanders living longer, 
healthier, and more independent lives. These Tiriti obligations underpin Whakamaua: Māori 
Health Action Plan 2020 - 2025 which sets the Government’s direction for Māori health 
advancement over this time. 
The principles of Te Tiriti o Waitangi provide the framework for how we will meet our obligations 
under Te Tiriti in our day-to-day work. These are: 
•  Tino rangatiratanga 
•  Options 
•  Equity 
•  Partnership 
•  Active protection 
The COVID-19 pandemic has seen Māori experience worse outcomes, compared to other 
ethnicities, which means Māori are at greater risk of worse outcomes should a new Variant of 
Concern emerge. It is therefore critical that the needs of Māori, and the commitments made in Te 
Tiriti o Waitangi, are integral to the health and disability response to COVID-19. 
Changes to our COVID-19 response measures therefore need to continue to support iwi, hapū, 
E O
whānau, and hapori Māori to make decisions for themselves, regardless of legal settings, e.g. 
within the COVID-19 Protection Framework and relevant COVID-19 orders.  
Working with Māori on design and delivery of services  
The Crown’s obligations to Māori under Te Tiriti o Waitangi require active protection of tāonga, 
and a commitment to partnership that includes good faith engagement and knowledge of the 
views of iwi and Māori communities. In the context of the COVID-19 response, this involves 
considering what will support a national response that is co-ordinated, orderly, and 
proportionate, considering the
EASED UN Crown’s obligation to actively protect Māori health, interests and 
rangatiratanga.   
Māori vaccination and booster rates remain lower than the rest of the population largely due to a 
slower rollout of the initial vaccination campaign to Māori communities. While in the week to 3 
May 2022 1,900 Māori received a vaccination dose, trending up for the third consecutive week, 
first dose vaccinations for tamariki Māori aged between 5 and 11 are under 1,000 for the seventh 
consecutive week. This has been exacerbated by the high numbers of Māori recently infected with 
COVID-19 and the three-month interval between becoming a case and receiving a booster dose.  
Locally-led responses continue to be relied upon particularly in Māori communities where local 
Māori providers and providers contracted by Whānau Ora commissioning agencies are mobilising 
to respond to the demands of their communities.  
25 
 


 
Across many of the measures in the Variants of Concern Strategic Framework, there are effective 
examples of equity-centred approaches informed by Te Tiriti o Waitangi. A testing action plan 
focused on advancing equitable access for Māori, Pacific, and disabled people has been 
developed and is currently being implemented.  The COVID-19 Care in the Community framework 
has created opportunities for community-led responses, including working with iwi.  
As part of the COVID-19 Māori Health Protection Plan, work is underway to build community 
resilience and increase vaccination uptake. These measures will be beneficial and support the 
principle of active protection in the event of a new variant. 
Māori providers are becoming increasingly more concerned about the wider health and 
socioeconomic impacts of the pandemic on whānau, and in ‘catching up’ on health services (such 
as flu immunisations, childhood MMR, screening services) that have been deferred.  
Ensuring Māori whānau have comprehensive and immediate supports through the Omicron 
outbreak will contribute to their resilience so they can leverage recovery opportunities, and these 
impacts and opportunities will need to be considered as part of wider planning.  
Equity 
In Aotearoa New Zealand, people have differences in health that are not only avoidable but unfair 
and unjust. Equity recognises that people with different levels of advantage require different 
approaches and resources to obtain equitable health outcomes.  
To support this, and as per our minimisation and protection approach, the priority is to slow down 
transmission of the virus and protect our communities at greater risk. These communities include 
Māori, Pacific peoples, disabled people, rural and isolated populations, communities that 
experience barriers to engaging with the health and disability system. We also know that certain 
geographical factors that disadvantage particular groups, including proximity to the border for 
South Auckland communities. 
E O
There are also a range of underlying risk factors that may negatively impact equitable outcomes. 
These risk factors are intersectional and compound the effects of other risk factors on individuals 
and communities. Risk factors include vaccine status, age, sex/gender, ethnicity, pregnancy, co-
morbidities, disability, mental health and addictions, material deprivation and poverty, 
occupation, household characteristics, high risk settings, inadequate access to health care.  
An equitable approach to public health and outbreak management includes not only a focus on 
communities at greater risk. It also requires understanding the barriers faced by these 
communities, enabling public health participation, and promoting health and wellbeing. 
Community engagement strengthens relationship and build health literacy for the long term. 
EASED UN
We will continue to learn from All-of-Government engagement with community leaders and 
technical experts to ensure that responses are tailored to the needs of communities, and 
proactively enables community-led responses. 
Devolving power and resources to communities 
Local communities have played an important communications role by supporting ongoing 
messaging to support various efforts of the COVID-19 response, such as supporting safe isolation 
and helping to increase vaccination uptake. We will continue to work through the networks 
established as part of caring for our communities and other local responses to support active 
partnership. 
 
26 
 


 
XI.  Global Responses to Variants of Concern  
Understanding the broader global context is an important principle that underpins our COVID-19 
response. While recognising that New Zealand has its own unique situation and national COVID-
19 response, it is important that we remain attuned to global developments, and that we meet our 
international obligations and contribute to the global response effort.  
Global surveillance efforts 
Global surveillance efforts will be vital to the early identification and response to new variants, 
and as a member of the World Health Organization, we are committed to strengthening these 
efforts, including working towards increased information sharing between members.  
The International Health Regulations (2005) (IHR), administered by the WHO, sets out the 
international legal framework for preventing and controlling the spread of disease and other 
ACT 1982
public health hazards between countries. Under the framework, member States are required to 
notify the WHO of any events which may constitute a public health emergency of international 
concern, as well as any health response measures implemented. This includes the notification of 
new Variants of Interest and Variants of Concern.   
 
Our response will also be informed by other global surveillance efforts including: 
•  the Centre for Disease Control and Prevention’s (CDC) system for monitoring all variants and 
classifying those requiring more attention and plans to continue this surveillanc
INFORMATION  e effort as the 
pandemic continues.  
•  the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) variants dashboard, which is 
updated weekly providing an overview of new variants in EU/EEA member states.  
The WHO has also reiterated that surveillance activities require coordination between the human 
and animal health sectors and more global attention on the detection of animal infections and 
possible reservoirs among domestic and wild animals. We expect that this will become worse with 
the effects of climate change. 
International approaches to strategic planning 
We have considered global approaches to our strategic planning, including the WHO’s Strategic 
Preparedness, Readiness and Response Plan to End the COVID-19 Emergency in 2022
 (the WHO’s 
Plan).  The WHO s Plan outlines a global strategic response to COVID-19 based on scenarios that 
include new Variants of Concern, and a proposed roadmap to inform national and local planning. 
The report is built on six pillars, which have informed our thinking: 
•  Enabled and empowered communities 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
•  Enhance surveillance, laboratory, and public health intelligence capacity 
•  Supported and protected public health and medical workforce 
•  Resilient health systems 
•  Emergency medical supply systems 
•  Research and innovation. 
 
27 
 


 
 
We are in regular contact with similar jurisdictions to inform our planning and to share our own 
lessons. We regularly meet with Chief Medical Officers from Australia, Canada, the United 
Kingdom (UK), and the United States, and are in regular contact with Singapore health officials. 
We have also received information on other countries’ Variants of Concern planning, including 
South Africa and the Republic of Korea. These relationships are particularly valuable as those 
jurisdictions are currently developing their own approaches to potential new variants 
International scenario planning 
Global approaches were considered in the development of our scenarios and proposed 
responses. Our scenarios broadly align with the UK’s Scientific Advisory Group for Emergencies 
(SAGE) scenarios regarding the emergence of new variants, and the WHO’s Plan. 
Both plans predict that: 
ACT 1982
•  milder variants will have lower severity and that vaccines will remain effective 
•  worst-case scenarios will have high severity of disease and significant immune escape.  
For comparison, the worst-case scenarios proposed by SAGE and the WHO are as follows: 
UK’s 
Reasonable worst-case: global incidence, incomplete vaccination and animal 
SAGE 
reservoirs lead to repeated emergence of variants with some displaying 
significant immune escape. Severe disease, mortality and long-term 
INFORMATION impacts 
following infection are seen. Updated vaccines and annual, widespread rollouts 
are necessary. Protections will need to be enforced especially when new variants 
outpace vaccine updates. 
WHO 
Worst-case: Future variants are highly transmissible and able to evade vaccines 
and immunity requiring vaccine alteration and broader boosting. 
In addition to the high-level alignment, our scenarios have considered the potential for chronic 
disease, the need for ongoing vaccinations, and potential for animal reservoirs to spread disease. 
Supporting Pacific states - the Pacific Health Corridors work programmes 
Consistent with information sharing and support provided as part of the Pacific Health Corridors 
work programme, we will share the scenarios and information on the planning process and 
responses with Tokelau, Cook Islands, Niue, Samoa, Tonga and Tuvalu.  
 
 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
28 
 


 
XII. Next steps  
This Strategic Framework is focussed on the preparedness and response measures in place to 
respond to the emergence of new Variants of Concern, with a particular focus on national level 
responses. Further detailed consideration of regional, local and community health responses is 
required with Health New Zealand, the Public Health Agency and Māori Health Authority.  
A government wide planning process is underway to support detailed operational planning of 
response measures, informed by the information in this Strategic Framework. 
The Strategic Framework is a living document that will continue to evolve based on regular scanning 
of emerging research and evidence, and experiences in other jurisdictions. The Ministry produces a 
bi-weekly monitoring document on Variants of Concern that will inform ongoing consideration of 
the Framework, and the potential need for responses. 
 
ACT 1982
 
 
 
INFORMATION 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
29 
 


 
XIII. 
Appendices 
Appendix 1: Evidence base for new variants, including information on co-
circulating variants 
SARS-CoV-2 has been characterised by the emergence of new Variants of Concern, with “successful
” new variants rapidly becoming dominant strains worldwide. To date the Alpha, Delta and 
Omicron variants have sequentially emerged and dominated. The rapidity of the emergence and 
dominance of new variants is demonstrated by the replacement of Delta by BA.1 within about one 
month in New Zealand, and the subsequent replacement of BA.1 by BA.2 within a similar period. 
[ESR analysis] These variants have had a transmission advantage over previous variants. This pattern 
of enhanced transmission advantage with each new dominant variant is likely to continue, because 
ACT 1982
increased transmissibility confers a substantial evolutionary advantage.[1]  
New Omicron variants and subvariants are being reported frequently, with at least three Omicron 
subvariants, BA.4, BA.5 and BA.2.12.1, increasing in prevalence in many parts of the world including 
New Zealand.  
Therefore, the identification of new Variants of Concern arriving in New Zealand will depend on 
three main variables: the prevalence of the Variants of Concern in the arrivals to New Zealand (which 
reflects prevalence overseas); the detection rate of cases arriving into New Zealand and the efficacy 
INFORMATION 
of the WGS surveillance of arrivals. 
SARS-CoV-2, as with many viruses, has an intrinsic ability to mutate frequently. This, coupled with 
extensive global transmission, means SARS-CoV-2 has a large mutational potential, and therefore it 
is difficult to predict the emergence of future novel Variants of Concern.[2] The ability of SARS-CoV-
2 to jump into other mammalian hosts further complicates predictions.  
SARS-CoV-2 is a virus that is constantly undergoing mutation, which may or may not have a 
significant functional impact on the phenotype or ‘characteristics’ of the virus.  A new variant is one 
that has marked phenotypic differences that impact on disease characteristics, primarily its intrinsic 
transmissibility, ability to evade immunity or disease characteristics such as severity. Concerning 
SARS-CoV-2 variants can be classified in several ways: 
Variant of Interest (VOI): WHO defines a VOI as a SARS-CoV-2 variant with genetic changes that are 
predicted or known to affect virus characteristics such as intrinsic transmissibility, disease severity, 
immune escape, or may adversely impact diagnostics or treatments; and is identified to cause 
significant community transmission or multiple COVID-19 clusters, in multiple countries with 
increasing relative prevalence alongside increasing number of cases over time, or other apparent 
epidemiological impacts to suggest an emerging risk to global public health.[3] 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
Variant of Concern (VOC): WHO defines a VOC as a SARS-CoV-2 variant that meets the definition of 
a VOI and, through a comparative assessment, has been demonstrated to be associated with one or 
more of the following changes at a degree of global public health significance:  
• 
Increase in transmission advantage or detrimental change in COVID-19 epidemiology; or 
• 
Increase in virulence or change in clinical disease presentation; or 
• 
Decrease in effectiveness of public health and social measures or available diagnostics, 
vaccines, treatments. 
30 
 


 
Variant of High Consequence (VOHC): The U.S. CDC defines a VOHC as a variant that has clear 
evidence that prevention measures or medical countermeasures have significantly reduced 
effectiveness relative to previously circulating variants.[4] This could include failure to be detected by 
diagnostic tests, a significant reduction in vaccine effectiveness, reduced susceptibility to treatments 
or more severe clinical disease. Currently, no SARS-CoV-2 variants are designated as VOHC. 
It is also possible for variants of SARS-CoV-2 to undergo recombination, where two different variants 
infect the same host at the same time, exchange genetic material, and form a new ‘combined’ 
variant. For example, the XE subvariant of Omicron is a recombinant of BA.1 and BA.2. The likelihood 
of recombination events is increased when more than one variant is prevalent and there is extensive 
ongoing transmission.  
Many Omicron mutations associated with the spike protein were unexpected and had not previously 
been seen in any previously circulating variants.  Concerning, even though Omicron is thought to 
have branched off from the other variants in mid-2020, it went undetected by global surveillance 
ACT 1982
systems until November 2021. The two most likely competing theories that explain how it was able 
to mutate extensively and go undetected for an extended period are: 
• 
the variant evolved in an animal reservoir and then made the jump back into humans, or 
• 
the variant evolved over a period of time within one or more immunocompromised 
individuals who were unable to clear the virus.  
In addition, there are a range of other factors that can make the surveillance more challenging, e.g., 
INFORMATION 
the lower morbidity associated with Omicron makes the initial identification of the disease more 
difficult. 
The probability of emergence of a new, concerning variant is difficult to estimate. There is some 
evidence that the likelihood of coronaviruses jumping the species barrier is increasing, given two 
new emergent coronaviruses in the last 20 years (including SARS in 2003 and MERS in 2012) in 
addition to SARS-CoV-2, against a backdrop of only four other endemic coronaviruses in total, and 
as human activity is increasingly encroaching on wildlife areas.[5] In a recent presentation to the 
FDA’s Vaccines and Related Biological Products Advisory Committee, Dr Trevor Bedford estimated 
that an ‘Omicron-like’ event (i.e., substantial mutations associated with the spike protein) may 
occur every 1.5 to 10 years, with a probability of approximately 30% for one occurring in the next 12 
months, based on the current speed of genetic change.[6] This probability will decrease and gain 
more precision as the observed time between ‘Omicron-like’ events increases. More likely 
(approximately 70%) was continued evolution within BA.2. 
It is unknown why certain variants become predominant at different times, however we can infer 
from some general principles. Any ‘successful’ new variant will likely employ a variety of 
characteristics to spread in human and/or animal populations. These characteristics are outlined 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
below. 
Transmission advantage: Any ‘successful’ new variant would need to be more transmissible 
than the predominant variant, such as Omicron, which is already extremely well adapted. Enhanced 
transmissibility could be achieved either through increased: 
Intrinsic transmissibility: Intrinsic features of the virus (e.g., higher viral load, greater 
environmental stability, easier aerosolisation, increased infectivity of cells in the upper airways, and 
ACE-receptor access/binding) may allow it to be transmitted more rapidly.[7] Transmission by 
asymptomatic cases has been a key feature of SARS-CoV-2, that has enabled extensive 
transmission.[1] The protection provided by vaccines against onward transmission tends to wane 
31 
 


 
quickly, however vaccines designed for the original strain of SARS-CoV-2 have continued to be 
remarkably effective, particularly against severe disease. 
Immune escape: Increased immune evasion relative to the current effective immunity within the 
population (i.e., has many more ‘susceptible’ individuals available for it to infect) will also enhance 
transmission. In the current post-vaccination/post-infection era, even with waning of protection, it is 
likely that for a variant to be successful it will need access to a large pool of susceptible individuals 
from those with some, or no, prior immunity.[8]  
Severity: A new Variant of Concern could be more or less severe than previous variants: disease 
severity does not necessarily create a selection advantage or disadvantage.[9, 10] For example  if a 
virus kills a host quickly then the virus has less opportunity to transmit to others. Similarly  if the 
disease is symptomatic and the symptoms develop soon after infection, causing the individual to 
stay home or go to the hospital, then less transmission in the community will tend to occur. 
However, the severity of disease caused in the host days or weeks after infection is less relevant to 
ACT 1982
successful onward transmission of the SARS-CoV-2 compared to some other pathogens. This is 
because SARS-CoV-2 is able to be transmitted for several days following infection without causing 
severe disease, or even symptoms, in many or most people. Transmission from asymptomatic and 
pre-symptomatic individuals has been a key feature of the success of SARS-CoV-2. It is unclear if a 
new variant will be more or less severe, but greater intrinsic severity is certainly a possibility.[11] 
Severity would be selected ’for’ if it also increases transmission, or it could be simply incidental to 
the transmission advantage. For example: 
INFORMATION 
•  Lower severity means that people who are infectious but remain asymptomatic or mildly 
symptomatic continue to socialise and infect more people than if disease were more severe 
and they stayed at home. 
•  A variant which results in more severe disease may also be associated with higher viral 
shedding (causally or incidentally) and therefore be more transmissible, as appears to have 
been the case with Delta. 
•  A variant associated with a higher likelihood of chronic infections (especially in 
immunocompromised patients) may generate further subvariants with unknown 
characteristics.  
Caution should be used when describing some forms of COVID-19 as ’mild’, for several reasons. If a 
variant is highly transmissible but relatively mild in a vaccinated individual, as we saw with Omicron, 
the overall disease burden on the healthcare system and the community can still be huge. Secondly, 
the disease may not be mild for many parts of our community, such as the elderly, Māori and Pacific 
Peoples, the immunocompromised, those with underlying risk factors and comorbidities, and those 
not up to date with their vaccinations; the disease associated with a variant may only be mild for 
those who are otherwise healthy with prior immunity (from vaccination or prior infection), i.e., the 
‘intrinsic’ severity may not be mild. Finally, the disease burden 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL  of long COVID is still unknown, and 
preliminary data indicates that long COVID can follow a mild or a severe acute phase of the disease. 
Nonetheless, in the long run, the most likely scenario is that the existing ‘layers of immunity’ from 
prior infection and vaccination will blunt the severity of disease caused by new variants. For example, 
even though Omicron was substantially different to Delta, with respect to mutations in the spike 
protein, population immunity conferred by vaccines and/or prior infection was effective in protecting 
against severe disease, albeit that a third dose was essential to deliver the bulk of that protection. 
With regard to the responses triggered by particular scenarios, there is a raft of public health 
measures and surveillance that apply generally.[12] For example: continued surveillance of COVID-19 
32 
 


 
and new variants; accessible and timely treatments and ‘up to date’ vaccinations, particularly for 
communities at greater risk; ventilation improvements; sufficient sick leave in order to enable 
reduction in spread. Many of these measures are ‘pandemic preparedness’ measures that are 
either already in place or would have to be put in place in advance, such as treatments, vaccinations, 
ventilation and sick leave entitlements. If possible, other measures should be ready to be ‘stood 
up’ quickly when needed. However, if the new variant is substantially better at transmitting than the 
existing prevalent variant, then the speed of transmission may mean that some measures are unable 
to be implemented in time.  
However, endemicity – in the sense of the pattern of spread of COVID-19 becoming more ‘
predictable’ with potential seasonal variation – is not guaranteed in the short or medium te m.[13] It 
is prudent to Document for less optimistic scenarios, as they still remain a possibility.[1]  
Out of the scope of this document, but nonetheless a major long-term planning consideration, is the 
burden of long COVID. Research on long COVID is still emerging – although some case definitions 
ACT 1982
have been proposed, the wider research community has not yet settled on the general description 
for the case definition of the syndrome, which is a necessary precursor to conducting most clinical 
research.[14] Nonetheless, given high transmissibility, if even a small percentage of individuals suffer 
disease burden in the long-term, then long COVID will shift to be a larger focus for the response to 
COVID-19. Other long-term planning considerations such as public health infrastructure and 
decision-making will also need to be considered.[15]  
INFORMATION 
Co-circulating variants: the balance between transmissibility and immune escape 
The potential for more than one circulating and co existing variant is also considered, however 
we given the limited evidence for this we have not planned for this or included it in modelling.  
Co-circulating variants is when two or more variants have substantial immune escape from each 
other (e.g., immunity associated with infection with variant one does not provide protection from 
variant two, and vice versa) the more the two variants have distinct ecological niches and so are 
able to co-exist without being in direct competition. 
[5] This situation was common at the beginning of the pandemic with gradual replacement of the 
original SARS-CoV-2 variant with Beta in Africa, Gamma in South America, Alpha in Europe and 
Delta in India. The emergence of Omicron and other highly transmissible sub-variants has largely 
replaced previous lineages. It is not known if multiple variants with different severity, 
transmissibility and immune escape will be re-established, or if the pandemic will be dominated 
by a single highly transmissible variant4. 
Figure 2 shows the relative balance between transmissibility (R0) and immune escape that is 
needed for co-circulation to occur, i.e., if two variants have a similar R0and/or infection with one 
does not provide protection from the other, then the two variants have the potential to co-
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
circulate. In the case of Figure 2, calculations were performed to help determine if Delta and 
Omicron may co-circulate. We now know that Omicron has a higher R0 than Delta, and that 
 
 Although Delta does still circulate globally in very low numbers, and the implications of that are still unclear 
33 
 



 
Omicron and Delta did not provide much cross-protection from each other for unvaccinated 
individuals, but there was substantial cross protection when the individual was vaccinated.[3, 6] 
Figure 2. Relative balance between transmissibility (R0) and immune escape needed for co-circulation to 
occur
 
ACT 1982
INFORMATION 
 
Co-circulation does occur between the other endemic coronaviruses that are associated with 
influenza. However, some coronaviruses have a similar peak each season whereas others appear 
to alternate as to how high the peak of infection is each year. This implies that some 
coronaviruses potentially confer some cross-protection with each other, and others do not. Figure 
3 below illustrates how this has been observed in Scotland in recent years. 
Co-circulating variants may or may not be a final state for SARS-CoV-2, and even if it is, the 
timing of when this will happen is unknown. It could be happening now, with BA4, BA5, and 
BA2.12.1. BA.4 and BA5 are increasing at the same time in United Kingdom and other countries, 
for example, or it may take a long time to settle into this pattern. Currently, there is evidence that 
BA4 and BA5 now have evolved to be better at reinfecting than BA.2, and that this is part of an 
overall trend of greater immune escape (from Delta to Omicron, and now between the successive 
successful sub- ineages of Omicron).  
It is not yet known how SARS-CoV-2 will behave seasonally, and the extent of any cross-
protection from future circulating coronaviruses. 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
It is possible to get two or more co-circulating variants of SARS-CoV-2, we may have more 
frequent COVID-19 waves each year, less so if there is some cross protection. Currently, even 
 
 Figure Error! Main Document Only. The combination of R0 and cross-immunity from two variants that might be needed in order for 
two variants to co-circulate (labelled as Omicron and Delta). These two variants had the potential to co-circulate (grey region20) if the 
cross-immunity was low or if Omicron
s R0 was similar to Deltas (R0=6). If cross-immunity from Delta was high and Omicron
R0 was relatively low compared to Delta
s, then Omicron would become extinct (dark blue); conversely, if cross-immunity was high 
and Omicron’s R0 was high, then Delta was predicted to become extinct (yellow). This analysis was performed prior to Omicron 
becoming dominant. Link to figure: https://twitter.com/trvrb/status/1470420216232374281  

 
34 
 



 
without co-circulation. We are likely to see 3-4 pandemic waves a year for the short to medium 
term, due to evolution within Omicron and waning of protection, albeit ‘mild’ disease due to 
vaccines and prior immunity. Either way, this would still be a substantial increase in the overall 
burden of disease, even though the severity is lower compared to the start of the pandemic 
Figure 1 Monthly prevalence of seasonal coronaviruses (sCoVs) detected among patients with respiratory illness virologically 
tested in NHS Greater Glasgow and Clyde, Scotland, United Kingdom, between January 2005 and September 2017. A, CoV-
229E. B, CoV-OC43. C,
 CoV-NL63. D, Comparing all sCoV types. 
ACT 1982
INFORMATION 
 
 
 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
35 
 




 
Appendix 2: Modelling on Variants of Concern 
We have conducted modelling based on the scenarios and differing levels of clinical severity and 
immune escape to provide an indication of the range of potential health impacts. The modelling 
is included in Appendix 2. The key points from the modelling are: 
•  variants with a high degree of immune escape or high virulence are the most concerning 
ones; a variant with both would place very high loads on the hospital system.  
•  variants that reach the older population would place extremely high demands on hospital 
and treatment capacity, and in some cases, very high mortality.  
•  the least severe hypothetical variants that respond to current vaccines would have effects 
similar to the recent Omicron wave.  
These are based on a purely hypothetical start date of 1 July. 
ACT 1982
 
Figure 3: Cases (a), hospital occupancy (b), and deaths (c) by variant scenario 
INFORMATION 
 
 
 
In these scenarios, the population response is enough to keep cases below the March 2022 peak. 
However  if we assume no or a muted change in PHSMs or voluntary behaviour change the 
numbers of cases, hospitalisations and deaths would be much higher. 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
The pattern for hospitalisations is different: most scenarios with would see hospital occupancy 
above March 2022 Omicron levels.  The reason is the higher virulence in most scenarios, and that 
the older population (who have higher case-hospitalisation and case-fatality rates) have the least 
36 
 


 
prior immunity.  Additionally, they may be eligible for antivirals which may reduce their 
hospitalisation rate (assuming antivirals are effective against a new variant. 
After the initial peak, each scenario has a pattern of rebound and/or second wave. The timing of 
these would be uncertain; they are due to the population relaxing social controls, and then to 
waning immunity.  
We noted that in some of the scenarios, hospital capacity is clearly exceeded; however the model 
does not include any excess mortality or additional response if this were to happen.  
The hospital workload in a normal winter is about the same as in the recent COVID-19 peak. 
DHB’s winter planning work indicates that over 1,000 beds are needed for respiratory conditions 
in peak winter months, 400 more than summer levels. An RSV outbreak could need another 900 
beds over one month. This demand would be at the same time as any beds needed for COVID-19 
patients.  
ACT 1982
Assumptions that underpin the modelling  
Each scenario assumes that the new Variant of Concern reaches New Zealand on July 2022. A variant 
that arrives later could have less effect if more people experience prior infection before the 
introduction of a new variant; but could also have larger effects if population immunity has waned 
significantly. Current evidence is that immunity wanes noticeably over a period of several months.  
The scenarios have been based on the effects of the Delta and Omicron variants. In general, Delta 
INFORMATION 
has been used as the model for a variant with greater severity than Omicron, while transmission and 
immune escape are relative to Omicron.  
We also note that the fifth planning scenario is for SARS-CoV-2 co-circulating with other 
infectious diseases is not considered in these modelling scenarios.  
The model is based on a number of hypothetical assumptions. Firstly it assumes that the population 
would respond to news of a severe variant by reducing social mixing and increasing social distancing 
even before any official change in the Community Protection Framework. This response likely 
represents a mixture of public health interventions, such as the “Red” setting, and spontaneous 
behaviour change in response to perceived risk. Examples include using masks, working from home, 
and adopting the levels of precautionary behaviour seen in February 2022. Whether the response is 
as effective as during February 2022 in flattening the curve is uncertain. 
Table 3: Model settings for variant scenarios  
Parameter 
Variant 1 
Variant 2 
Variant 3 
Variant 4 
Variant 5 
Intrinsic transmissibility 
Omicron 
Omicron 
O
RELEASED UNDER THE OFFICIAL  micron 
Omicron 
Omicron 
(R0) 
Severity of new variant 
 
Probability of 
Delta 
Omicron 
Delta 
Omicron 
Delta 
hospitalisation 
Probability of death 
Delta 
Omicron 
Delta 
Omicron 
Delta 
37 
 


 
Vaccine effectiveness against new variant 
 
Infection 
60% relative 
60% relative 
Omicron 
Omicron 
Omicron 
to Omicron* 
to Omicron* 
Severe disease 
90% relative 
90% relative 
Omicron 
Omicron 
Omicron 
to Omicron* 
to Omicron* 
Mortality 
90% relative 
90% relative 
Omicron 
Omicron 
Omicron 
to Omicron* 
to Omicron* 
Cross immunity to new variant from prior 
 
infection with Omicron 
Infection 
50%** 
50%** 
80%*** 
80%*** 
Omicron 
ACT 1982
Severe disease 
94%** 
94%** 
100%*** 
100%*** 
Omicron 
Mortality 
94%** 
94%** 
100%*** 
100%*** 
Omicron 
* Multipliers of the VE (vaccine effectiveness) parameters used for Omicron 
** Immunity wanes rapidly 
*** with faster reduction in immunity  
 
INFORMATION 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
38 
 



Appendix 3: Process for Identifying New Variants of Concern
ACT 1982
INFORMATION 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
39 


Appendix 4: Proposed response to scenarios 
Note: This appendix did not eventuate. As such, there is no further information.
ACT 1982
INFORMATION 
RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
40 


 
References 
1. 
Farrar, J. Two years of the covid-19 pandemic. 2022 22 March 2022; Available from: 
https://www.economist.com/podcasts/2022/03/22/two-years-of-the-covid-19-pandemic. 
2. 
Maher, M.C., et al., Predicting the mutational drivers of future SARS-CoV-2 Variants of Concern. 
Sci Transl Med, 2022. 14(633): p. eabk3445. 
3. 
WHO. Tracking SARS-CoV-2 variants. Tracking SARS-CoV-2 variants 2022 12 April 2022 [cited 
2022 22 April 2022]; Available from: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/. 
4. 
CDC, U. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Variant Surveil ance 2021 01 
December 2021 [cited 2022 22 April 2022]; Available from: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-
ncov/variants/variant-classifications.html. 
ACT 1982
5. 
Metcalf, C.J.E. The Evolutionary ecology of coronaviruses (Mar 10). CCDD ID Epi Spring Seminar 
Series 2022 [Youtube] 2022 14 March 2022 [cited 2022 15 April 2022]; Available from: 
https://ccdd.hsph.harvard.edu/id-epi-series-2022/. 
6. 
Bedford, T. Continuing SARS-CoV-2 evolution under population immune pressure. Vaccines and 
Related Biological Products Advisory Committee April 6, 2022 2022 06 April 2022 [cited 2022 15 April 
2022]; Available from: https://www.fda.gov/media/157471/download. 
7. 
Bhattacharyya, R.P. and W.P. Hanage, Challenges in Inferring Intrinsic Severity of the SARS-CoV-2 
INFORMATION 
Omicron Variant. N Engl J Med, 2022. 386(7): p. e14. 
8. 
Fauci, A., In conversation with Dr Anthony Fauci, in Preparing for the worst, hoping for the best, E. 
Carr, Editor. 2022, The Economist: https://www.economist.com/films/2022/03/24/in-conversation-with-
dr-anthony-fauci. 
9. 
Katzourakis, A., COVID-19: endemic doesn't mean harmless. Nature, 2022. 601(7894): p. 485. 
10. 
Markov, P.V., A. Katzourakis, and N.I. Stilianakis, Antigenic evolution wil  lead to new SARS-CoV-2 
variants with unpredictable severity. Nat Rev Microbiol, 2022. 20(5): p. 251-252. 
11. 
Andersen, K., In the Bubb e with Andy Slavitt, in The Country That Decided the Pandemic Is Over 
(with Kristian Andersen), A. Slavitt, Editor. 2022: https://omny.fm/shows/in-the-bubble/the-country-that-
decided-the-pandemic-is-over-with. 
12. 
Hanage, W. From ‘herd immunity’ to today, Covid minimisers are still sabotaging our 
pandemic progress  Guardian 2022 29 March 2022 [cited 2022 15 April 2022]; Media article]. Available 
from: https://www.theguardian.com/commentisfree/2022/mar/29/herd-immunity-covid-minimisers-
sabotaging-pandemic-progress. 
13. 
Callaway, E., Beyond Omicron: what's next for COVID's viral evolution. Nature, 2021. 600(7888): p. 
204-207. RELEASED UNDER THE OFFICIAL 
14. 
World Health Organisation. A clinical case definition of post COVID-19 condition by a Delphi 
consensus, 6 October 2021. 2021 06 October 2021 [cited 2022 15 April 2022]; Available from: 
https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-Post_COVID-19_condition-
Clinical_case_definition-2021.1.  
15. 
Baker M, W.N. New Zealand’s Covid strategy was one of the world’s most successful – what 
can we learn from it? Comment is free 2022 05 April 2022 [cited 2022 21 April 2022]; Available from: 
https://www.theguardian.com/world/commentisfree/2022/apr/05/new-zealands-covid-strategy-was-one-
of-the-worlds-most-successful-what-can-it-learn-from-it. 
41