This is an HTML version of an attachment to the Official Information request 'PCR Cycle threshold of Covid cases'.

133 Molesworth Street 
PO Box 5013 
Wellington 6140 
New Zealand 
T+64 4 496 2000 
 14 October 2021
Paul McKenna 
By email:  [FYI request #16428 email] 
Tēnā koe Paul 
Response to your request for official information 

Thank you for your request under the Official Information Act 1982 (the Act) on 27 September 
2021 for: 
  1.  Does each row in the CSV file supplied relate to one 'case'? one test result deemed 
positive? or something else? Please clarify (Some rows have one test result, others 
have up to 6). 
Each row in the file is the available results from one case. 
  2.  I understand that each positve (sic) test result is validated by repeat analysis, yet many 
rows have only one Ct value. Is this the highest, lowest or average value out of 2? Or 
was there no repeat anaylisis? (sic) If not why would this occur? 
The Ct values provided are all of the values the Ministry holds for each case. 
Case definition does not require validation through a repeat analysis. 
Laboratory definitive evidence requires at least one of the following: 
detection of SARS-CoV-2 from a clinical specimen using a validated NAAT (PCR). 
Very weak positive results wil  only be labelled a confirmed case when the result is 
confirmed on a second sample. 
detection of coronavirus from a clinical specimen using pan-coronavirus NAAT (PCR) 
and confirmation as SARS-CoV-2 by sequencing 
significant rise in IgG antibody level to SARS-CoV-2 between paired sera. 
There is more information at:
  3.  Some rows have multiple sets of 2 results (up to 3 sets). Does this reflect; multiple tests 
obtained at various times throughout infection? 2-3 separate cases? or something else? 
Each row in the file is the available results from one case. 

4.  Many Cts are very high and would not normally be considered positive. What protocol is 
used to determine these to be actual SARS-CoV-2 infections? 
  5.  Many postive (sic) test results use an Envelope (E) gene assay. Since E-gene assays 
have been shown to lack specificity, particularly in relation to other coronaviruses, what 
measure have been used to ensure these are not false positives? 
Please refer to the response to question 2 above. 
I trust this fulfils your request. Under section 28(3) of the Act, you have the right to ask the 
Ombudsman to review any decisions made under this request. The Ombudsman may be 
contacted by email at: [email address] or by calling 0800 802 602. 
Please note that this response, with your personal details removed, may be published on the 
Ministry of Health website at: 
Nāku noa, nā 
Gill Hall 
Group Manager, Science and Insights 
COVID-19 Health System Response 
Page 2 of 2